La missione umanitaria della Flotilla diretta a Cuba ha generato tensioni e polemiche già durante le fasi di rientro dei partecipanti. Mentre alcuni esponenti, tra cui l'eurodeputata italiana Ilaria Salis, hanno optato per un arrivo e una partenza via aerea raggiungendo L'Avana senza particolari difficoltà, altri attivisti hanno subito controlli prolungati presso gli scali internazionali durante il viaggio di ritorno.

Nello scalo di Panama è stato fermato Thiago Avila, esponente di spicco della rete internazionale degli attivisti noto per le sue partecipazioni a missioni precedenti tra cui quella palestinese. Secondo le comunicazioni della rete, l'attivista brasiliano è stato trattenuto per sei ore in interrogatorio prima di ottenere il permesso di rientrare nel proprio Paese. Paralelamente, dodici altri manifestanti sono stati bloccati presso l'aeroporto internazionale di Miami, dove sono rimasti in custodia delle autorità senza ricevere spiegazioni pubbliche per un periodo significativo.

Gli attivisti hanno protestato vivacemente contro le modalità dei fermo, denunciando l'assenza di trasparenza da parte delle autorità aeroportuali e ribadendo la natura civile del loro operato. "Non è possibile normalizzare l'intimidazione rivolta a chi si batte per la giustizia, i diritti fondamentali e la dignità umana" hanno dichiarato i manifestanti, evidenziando quella che ritengono una violazione dei principi umanitari. Katie Halper, una delle persone fermate in Florida, ha pubblicato un avvertimento sui propri canali social invitando gli altri attivisti a non comunicare tramite telefono o app di messaggistica, temendo controlli governativi.

La decisione di alcuni partecipanti di utilizzare i voli commerciali ha suscitato critiche anche all'interno della comunità cubana, con osservatori locali che hanno messo in discussione l'effettiva portata simbolica e pratica della missione. Nonostante le criticità emerse, tutti gli attivisti fermati sono stati infine autorizzati a proseguire verso le loro destinazioni finali. L'episodio evidenzia le tensioni geopolitiche intorno all'embargo americano e le sfide che organizzazioni attiviste internazionali affrontano quando operano in contesti sensibili dal punto di vista diplomatico.